давным-давно было предсказано, что однажды придёт сильный воин, который сможет победить сильную колдунью и принести мир, но ему сначала придётся найти свою вторую половину, потому что они одно целое.
После того, как Мерлин победил Нимуэй, она воскресла и строила новые козни. Но до неё дошёл слух, что её убьёт воин с чистым сердцем и честью. При помощи магии она находит того, кто принесёт ей смерть. Это черепашка ниндзя, по имени, Леонардо, который живёт в далёком будущем. Чтобы пророчество не сбылось она решает убить Леонардо, но для этого надо, чтобы он был в её времени. Она решает заманить его в ловушку. Она находит того, кто дорог Леонардо. Не смотря на то, что семь для Леонардо всё, в Китае живёт ещё одна черепашка женского пола. Она уже встречалась с Леонардо. Венус Де Мило, так её зовут, жила с черепашками, когда им нужна была помощь. Когда всё закончилось она вернулась в Китай, но Леонардо её не забыл, потому что он полюбил её, но не признаётся в этом. Нимуэй при помощи магии похищает Венус и является к черепашкам, чтобы они пришли ей на помощь. Черепашки используют посох времени, который когда-то перенёс их в древнюю Японию, но на этот раз он сработал по другому. Они попадают в Средневековую Англию вместе с Сплинтером, Эйприл и Кейси. Их тут же задерживает стража и отводит в Камелот. Утер сажает их в тюрьму, а утром решил казнить. Он подумал, что они магические создания. В тюрьме мальчик, по имени, Мерлин решил проведать пленников и познакомился с ними. Он не хотел, чтобы их казнили. Ночью в замке становится слишком тихо. Компания собралась бежать, пока никого нет. Раф с помощью саи открыл дверь и выпустил остальных. Они побежали к выходу, но Лео увидел мёртвого стражника. Явно убийца знал своё дело, но что самое странное - это следы животных рядом. Черепашки с остальными пошли по следу и дошли до спальни короля Утера. Стражники были мертвы. Они вошли и в комнате была волчица, белка, золотистый ретривер, бернский зенненхунд и снежный барс. Они хотели убить Утера, но не успели этого. Они приготовились к атаке. Главной была белая волчица. На каждом животном, кроме барса, был амулет. Они прикоснулись к амулетам, и у волчицы уши стали, как две катаны, у белки уши стали, как шест-бо, у ретривера когти, как саи, у зеннензунда хвост, как нунчаки, а самка снежного барса была их учителем. Они назвали себя "Животные Ниндзя". Да, эти зверушки могли говорить, но они очень опасные. Они вступаю в битву, и черепашки пытаются защитить Утера. Волчица сражалась с Леонардо, белка с Донателло, ретривер с Рафаэлем, зенненхунд с Микеланджело и самка снежного барса с Сплинтером. В дверях появился Мерлин и при помощи магии пытается прогнать животных. Послышались шаги стражи и Артура. Волчица приказывает отступать. Они выпрыгнули в око и убежали. Утер просыпается и ему говорят, что здесь были животные, которые уже давно терроризировали королевство. Нимуэй, увидев, что Леонардо уже в этом мире, она отпускает Венус и телепортирует её в Камелот. Черепашки рады её видеть и что с ней всё хорошо, но единственный путь домой знает только Нимуэй. Они выслушивают рассказ о Нимуэй и им придётся идти прямо к ней. Они знаю, что Нимуэй не оставит в покое Утера и решают победить её, но оно единственный путь домой. Не зная, где её новое убежище черепашки решают объединится с животными. В уть отправляются Венус, Леонардо, Рафаэль, Микеланджело, Донателло, Кейси, Эйприл, Мерлин, Артур, Гвен и не смотря на запрет Утера, Моргана. Они находят животных и те соглашаются. Волчицу на самом деле зовут Анью, белку Морт, ретривера Бадди, зенненхунда Барон, и самку снежного барса Анна-Мария. Черепашки видят в животных себя, но Леонардо и Анью никак не могут поладить. Они сами того не зная и есть две половины одного целого. Со временем отношения животных и черепах улаживаются и они становятся друзьями, но смогут ли они победить Нимуэй? Не известно. Выберут они дом или останутся здесь, чтобы убить Нимуэй и остановить ведьму...